948’de (1541) Şereflikoçhisar’da doğdu. Çocukluğunu geçirdiği Sivrihisar’da ilk tahsiline başladı. Daha sonra İstanbul’a giderek Küçük Ayasofya Medresesi’ne girdi. Medrese tahsilini tamamladıktan sonra hocası Nâzırzâde Ramazan Efendi’nin muîdi oldu. Talebelik ve muîdlik yıllarında bir yandan da Halvetiyye tarikatına mensup Küçük Ayasofya Camii şeyhi Nûreddinzâde Muslihuddin Efendi’nin sohbetlerine devam etti. Hocası Nâzırzâde Edirne Selimiye Medresesi’ne müderris, Mısır ve Şam’a kadı tayin edildiği yıllarda Hüdâyî’yi yanından ayırmadı. Hüdâyî Mısır’da hocasıyla beraber bulunduğu sıralarda Halvetiyye tarikatının Demirtaşiyye kolundan Kerîmüddin el-Halvetî’den “usûl-i esmâ” terbiyesi gördü. 1573’te Mısır’dan dönüşünde Bursa Ferhâdiye Medresesi’ne müderris ve Câmi-i Atîk Mahkemesi’ne nâib tayin edildi. Hocası Nâzırzâde ise Bursa mevleviyetine getirildi. Bursa’ya gelişinin üçüncü yılında hocası vefat etti. Talebelik ve muîdlik yıllarından beri tasavvuf çevresiyle yakın teması bulunan Hüdâyî, hocasının ölümünün üzerinde bıraktığı derin tesir sebebiyle resmî görevlerinden ayrılarak daha önce vaaz ve sohbetlerine katıldığı Muhyiddin Üftâde’ye intisap etti. Üç yıl gibi kısa bir zamanda seyrü sülûkünü tamamladı. Şeyh Üftâde kendisini memleketi Sivrihisar’a halife tayin etti.