Başlıca kitapları alfabetik sırayla; Lozan'da Türk-Yunan Mübadele Siyaseti, Milli Mücadele Dönemi Beyannameleri ve Basını, Trakya - Paşaeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti'nin Kuruluşu ve Faaliyetleri olarak sayılabilir.

Zekai Güner kitapları; Atatürk Araştırma Merkezi, Atatürk Kültür Merkezi Yayınları, Siyasal Kitabevi aracılığıyla kitapseverlerle buluşmuştur.
Zekai Güner tarafından yazılan son kitap "Milli Mücadele Dönemi Beyannameleri ve Basını", Atatürk Kültür Merkezi Yayınları tarafından okurların beğenisine sunulmuştur.